海南港航现代服务发展有限公司（简称“服务公司”）是海南港航控股有限公司全资子公司。公司设立行政事务部、企业运营部、人力资源部/组织部、党群工作部、财务管理部、安全技术部、科技信息部七个部门，下设四家二级单位，分别是海南港航船舶燃料供销有限公司、海南港航劳务发展有限公司、海口港信通科技有限公司、海南港航临港产业运营有限公司；一家三级单位海口港恒安装卸有限公司。截至2023年12月，服务公司资产总额25514.66万元。

服务公司下设能源供应、资产租赁及物业服务、劳务、数字化、商贸、共享中心六大业务线条，依托港航主业，提升对内服务品质，积极拓展对外业务，全力构建自贸港现代综合服务平台。积极融入集团和海南港航产业链，积极延伸链条周边服务，实现公司高质量发展。