海南港航国际港务有限公司、海口港集装箱码头有限公司同是海南港航控股有限公司下属子公司。2020年，海南港航对集装箱板块进行优势资源整合，将海南港航国际港务有限公司和海口港集装箱码头有限公司两家公司统一管理，两个公司“两块牌子、一套人马”，同时运营洋浦国际集装箱码头和海口港集装箱码头，是海南省最大的从事国际和国内集装箱装卸、陆路运输等业务的国有安全标准化（危货类）一级达标企业，兼营岛内驳船航线运营、冷藏保鲜集装箱运输和储存保管等业务，集装箱航线网络覆盖完备。2023年5月，所经营的洋浦国际集装箱码头被评为四星级中国绿色港口，成为海南首个四星级绿色港口。公司采用专业的集装箱信息系统进行管理，在集装箱装卸、运输、仓储管理以及大型机械管理等方面具有丰富的经验。主要经营包括国际和国内集装箱装卸、陆路运输等业务，现运营海口秀英集装箱码头和洋浦小铲滩码头，主营港口装卸、堆存等集装箱港口服务业务，兼营岛内集装箱驳运业务，截至8月31日，集装箱板块共开通航线67条，其中：洋浦小铲滩57条（外贸航线31条、内贸航线18条、内外贸同船航线8组），初步构建起连接国内沿海各大区域主基本港，贯通东盟、南太平洋、印度洋、西非和美洲等国家和地区的航线布局。