海南港航集装箱码头有限公司是海南港航控股有限公司下属子公司，2020年由海口港集装箱码头有限公司和海南港航国际港务有限公司两家公司合并成立，主要经营海口秀英港区和洋浦港区集装箱板块业务，是海南省最大一家从事国际和国内集装箱装卸、陆路运输等业务的国有安全标准化（危货类）一级达标企业，兼营岛内驳船航线运营、冷藏保鲜集装箱运输和储存保管等业务，集装箱航线网络覆盖完备。公司设有九个职能部门，在编员工328人，专业技术人员59人。海口港区已开通16条内贸航线，基本实现国内沿海主要港口和长江、珠江流域全覆盖；外贸航线通过链接洋浦港，实现与东南亚区域国际集装箱航线网络的有效衔接，并通过香港航线辐射欧美和东亚航线。洋浦港区依托国家战略规划，已布局内贸航线7条、外贸航线12条、内外贸同船路径5条，成为国家西部陆海贸易新通道、“一带一路”的新支点。同时公司积极打造环岛公共驳船航线，挖掘“公转水”市场，现已开通海口、洋浦、八所、三亚等四港驳船业务，并通过两港链接国内外航线。目前两港区拥有万吨级泊位7个，码头岸线总长2144m，港区总面积132.7万㎡，堆场面积77.4万㎡，年集装箱通过能力265万TEU。2021年起，公司将对两港区进行拓能改造，实现拥有万吨级泊位8个，岸线总长2208m，港区总面积132.7万㎡，堆场面积77.4万㎡，年集装箱通过能力达440万TEU。